Sim. Provavelmente existem muitas maneiras de fazer isso.
Um pode ser colocar o código no S3 e fazer com que um script faça o download do código-fonte mais recente quando a instância do EC2 for inicializada.
scripts de inicialização do EC2 .
Outra seria armazenar o código fonte no Elastic File System e montá-lo em cada servidor.
Então você só precisa automatizar atualizações e coisas do tipo. Eu não trabalhei como automatizar as atualizações do sistema operacional, porque eu nunca precisei, mas sei que há suporte para isso.