A réplica do Hyper-V não tenta replicar os pontos de verificação. É uma estratégia de recuperação de desastre para VMs e só replica a instância atualmente em execução da VM (e não os momentos congelados no passado que esses pontos de verificação representam).
O que a Replica faz, no entanto, é criar pontos de verificação periodicamente enquanto faz essa replicação. Cada ponto de verificação que você vê no servidor de recuperação representa um momento consistente com o aplicativo que você pode recuperar se fizer failover. Eles não existem no servidor principal porque você não pode "recuperar" uma VM perdida na máquina que ainda não a perdeu.
Você deve poder excluir o ponto de verificação no servidor de recuperação. Não sei por que isso está falhando.