Você pode usar mod_proxy para fazer proxy das solicitações do diretório para o domínio real:
ProxyRequests Off
ProxyPreserveHost On
ProxyPass /cdn http://cdn.example.com
ProxyPassReverse /cdn http://cdn.example.com
Isso tem que ser colocado na configuração real do apache, ele não funciona em um arquivo .htaccess.
Observe que, ao fazer proxy de solicitações como essa, você está inutilizando as vantagens de uma CDN . A solução de cabeçalho em minha outra resposta é preferível em relação a isso.