Tivemos o mesmo problema (mas não limitado a qualquer servidor web em particular, isso aconteceu mesmo ao acessar o ssh). Nosso problema foi a seguinte configuração em nosso /etc/sysctl.conf
:
net.ipv4.tcp_tw_recycle = 1
Isso estava sendo definido para nós como parte de um script de "otimização" de servidor que estávamos testando. Como você pode ler aqui , esse valor nunca deve ser usado por causa de problemas com NAT.
Espero que isso ajude você ou outra pessoa!