Se você estiver usando um VPS, presumivelmente não poderá ver o que está acontecendo em outros hosts no mesmo hardware físico.
Pode ser que o IO seja muito carregado, possivelmente por você, esteja levando a algo em um backup de VPS totalmente separado, o que leva tempo para ser resolvido. Pode ser por isso que reiniciar o php e o mysql no seu sistema não é suficiente para colocar as coisas de volta nos trilhos. É interessante, no entanto, que reiniciar seu VPS parece resolver o problema? Alguma chance de que seja apenas uma função de algum tempo?
Se você desligar o php e o mysql, você pensaria que não haveria muitos recursos consumidores em seu sistema (estou fazendo muitas suposições lá, mas você deve saber mais). Verifique isso embora.
Veja quais atividades ainda estão em andamento. O topo é uma boa ferramenta, pois inclui a análise da atividade de IO por processo, com permissões suficientes para isso. O iostat é útil para observar a atividade total do disco de cada dispositivo.
Se você não tem muita atividade de disco em seu VPS, mas o desempenho é ruim, é provável que esteja em outro VPS ou talvez até no host. Você precisa conversar com seu provedor de hospedagem sobre isso, mas esteja ciente de que, se estiver causando o problema, você espera que eles se preocupem com isso.