Este é o tipo de pergunta que eu não entendo a lógica por trás.
Em relação a essa declaração sobre a opção 1: Issue I see with this is I wont be able to utilize the extra network capacity of the linked lan ports on the nas as all the sharing is going through the one file server which will create a bottle neck with its own single lan port - essa é uma suposição. Você já determinou se existe ou não um gargalo? Como você sabe que usar apenas uma única porta criaria um gargalo? Que tipo de dados / métricas você tem para validar essa afirmação?
E esta afirmação sobre a opção 2: create the SMB shares directly on the NAS and point the user mapped drives there which will theoretically allow all users to go through the 4 linked ports increasing potential bandwidth - Se você está empurrando 100Mbps de tráfego através de uma única porta, adicionar 3 portas adicionais não tornará as coisas mais rápidas. Como você determinou que precisa da largura de banda adicional que a agregação de links forneceria? Quanto tráfego você está empurrando com o que você está usando atualmente?
Parece-me que você está tentando justificar um uso para todas as 4 portas porque você acha que precisa, caso contrário elas são desperdiçadas, o que na minha opinião não é uma boa razão para implementar qualquer solução técnica específica ou design.