Não é possível "restaurar" uma AMI contra uma instância existente do EC2.
No entanto, você pode criar facilmente uma nova instância do EC2 a partir da sua imagem da AMI e ela estará no estado em que se encontrava quando a AMI foi criada. Então você encerra a instância EC2 anterior, substituindo-a efetivamente pela nova.
As instâncias reservadas são uma coisa de contabilidade. Não há nada que ligue a instância reservada à sua instância existente além do fato de ela estar em execução. Sua nova instância do EC2 será automaticamente coberta pela instância reservada se o critério corresponder ao original (AZ, tipo de instância etc.) e você terminar o original.