Existe um recurso pouco conhecido, mas documentado do cron: se você colocar um sinal de porcentagem em um comando é interpretado como uma nova linha. Você precisa protegê-lo com uma barra invertida.
@midnight scp /home/xxx/file.txt xxx@yyy:~/zzz/file.txt_'date +"\%m-\%d-\%y"'
Como alternativa, coloque o comando em um script e escreva apenas o caminho para o script no arquivo crontab.