Desista e mude a senha da raiz do sistema.
O WHM permitirá um login de raiz com a senha de root do sistema, e se nem você nem o cliente realmente o souberem, você terá que redefinir a senha de qualquer maneira. Você simplesmente não pode evitar isso sem também evitar fazer qualquer trabalho real, o que anula o propósito.
Quanto a outros processos que usam a senha raiz, isso parece improvável, já que até mesmo os administradores mais jovens geralmente resistirão a codificar qualquer senha de root em qualquer lugar. As pessoas, por outro lado, podem, e você pode simplesmente lidar com elas se elas reclamarem.