Isso pode ser feito facilmente por meio de um GPO.
Consulte o artigo do TechNet sobre como fazer isso, mas é muito fácil se você já compreende os GPOs:
COISA ESPECIAL PARA OBSERVAR NESSA PÁGINA:
To delete existing links: If you are a corporate administrator, select the Delete existing Favorites and Links, if present check box to delete the items on the users' Favorites and Links lists. You should use this setting with caution because it removes, among other links, the items that your users added.
Não seja descuidado e marque essa caixa se você valoriza seu trabalho. :)