rsync -avz
fará backup de todos os arquivos, recursivamente. Se você script seu rsync em um script bash, você pode simplesmente voltar as pastas específicas
Exampe:
#!/bin/bash
rsync -avz /home/user/misc/009 /home/user/backup/misc/
rsync -avz /home/user/misc/053 /home/user/backup/misc/
rsync -avz /home/user/misc/087 /home/user/backup/misc/