Eu construo imagens de máquinas virtuais para o Azure usando o Hyper-V, é claro. A principal coisa a se preocupar é que você tem que usar um disco VHD em vez de um disco VHDX. Para o Windows, você precisa usar o sysprep para a imagem e, para o Linux, é necessário instalar o agente do Windows Azure no convidado.
Veja também a documentação da Microsoft sobre a criação de uma imagem do Windows para o Azure e criando uma imagem do Linux para o Azure