Você pode instalar e configurar o suPHP .
suPHP é um módulo do apache que executa os scripts do usuário como seu próprio uid em vez do apache. Como os scripts são executados como seu próprio uid, as permissões de arquivos simples cuidam de mantê-los fora dos diretórios de outros usuários e de qualquer outra coisa a que o usuário do apache tenha acesso.
As permissões do sistema de arquivos também impedem que elas entrem nas pastas de outros usuários a partir do shell. Apenas certifique-se de que os diretórios pessoais não concedam permissões a outros, por exemplo. 770 é bom, 777 ou 775 é ruim.