Parece um hardware - controlador de disco, cabeamento, RAM de cache do controlador ou RAM do sistema ou eu. Eu obteria os dados de backup o mais rápido possível, verificaria a integridade dos backups e começaria a procurar por problemas de hardware. (Não apenas verifique se os backups correspondem aos arquivos no disco - na verdade, verifique a integridade dos arquivos. Os arquivos ZIP podem ser testados, os arquivos do banco de dados podem ter sua estrutura verificada etc. Se você tiver um problema de hardware aleatoriamente lançando bits no seu disco que você está indo para ter problemas.)
Sendo que esses arquivos estão no SYSVOL, eles podem ter sido replicados de outro DC também. Se você tem um único DC, então a proveniência dos arquivos não está em questão, mas se você tiver vários DCs, precisará verificar todos eles.