Tem certeza de que você está incluindo a cadeia de certificados fornecida pelo emissor? Atualmente, muitos emissores usam certificados intermediários para estabelecer a cadeia de confiança de volta à autoridade de certificação raiz. Navegadores diferentes têm diferentes conjuntos de CAs integrados.
Verifique as instruções fornecidas pelo emissor do certificado e verifique se você está realmente veiculando certificados intermediários.