Você deve estar usando juju-core (a versão Go do Juju). O arquivo de configuração deve ser formatado de forma diferente conforme explicado na documentação:
Nota:
Se você estiver usando o juju-core, você deve remover a primeira linha do arquivo e o recuo para o resto do arquivo.
Caso contrário, não ocorrerá erro, mas o arquivo de configuração será ignorado.
Então mydjangosite.yaml
deve estar na forma:
vcs: bzr
repos_url: lp:mydjangosite