As máquinas têm o mesmo SUSClientID, que é separado do SID da máquina.
Apague HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate\SusClientId e reinicie o serviço Windows Update.
Algo muito estranho - eu tenho duas VMs totalmente independentes (uma caixa 2008R2 rodando o Sharepoint e uma 2008R2 DC rodando o WSUS). Ambos estão configurados para usar o WSUS para correção.
No entanto, ambos estão lutando pela mesma entrada no WSUS! Por exemplo, um check-in - então, se eu for e executar um wuauclt /reportnow , por exemplo, que fará check-in, mas substituirá a entrada do outro servidor no WSUS! (e vice-versa!)
Alguma idéia?
As máquinas provavelmente têm o mesmo SID. Você precisará alterar o SID de um deles.