" Endating company IT relationship " tem uma boa lista de verificação para assumir uma sistema de TI existente, mas eu estou querendo saber como se relaciona com o Linux:
Neste ponto eu não sei qual distro do Linux o servidor (embora usando Netcraft eu conheço o servidor parece ser o Linux) - então é possível sem saber que essa informação seria uma pergunta difícil de responder.
Existe uma ferramenta chamada Blueprint que pode fazer engenharia reversa de uma compilação de sistema existente. Os gerenciadores de pacotes modernos também têm um meio de verificar a consistência dos pacotes e exibir quais binários e arquivos de configuração foram alterados ( rpm -vVa em sistemas baseados em RPM).