Ok, encontrei a solução. Desde que eu estou usando vmkfstools no esxi para converter máquinas executando o conversor autônomo não é necessário. Problema foi o tipo de controlador SCSI no ESXI. Por padrão, ele seleciona o LSI Logic SAS. Eu mudei para LSI Logic Parallel e agora ambos os meus windows funcionam bem.
Meus passos são:
1. Copy vmdk files from VMWare Server to ESXI datastore
2. use vmkfstools to convert machines and repair if needed 'vmkfstools -i uploaded.vmdk final.vmdk' . If it needs repair it will tell you
3. Create VM using vSphere Client and make sure SCSI setting is LSI Logic Parallel
As máquinas devem funcionar sem problemas.