Você tem muita carga, como o EightBitTony sugeriu que você deve otimizar suas consultas. Se isso não for possível, separe seu servidor da Web e o servidor de banco de dados. Obtenha um servidor adicional que não faça nada além de responder a solicitações de banco de dados.
Verifique também se esta está na sua configuração do mysql:
-
thread_concurrency
Deve ser 12 no seu caso, mas você pode querer reduzi-lo para 10 ou 8 se quiser manter alguma CPU livre para o seu apache. Esse cara aqui explica algumas outras coisas que você pode querer fazer para ajustar o MySQL. Você ainda tem muita memória disponível, então você deve fazer o cache de mais consultas.