Na verdade, encontrei uma resposta logo depois que publiquei esta pergunta.
location ~ \.php$ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
location /css/ {}
location / {
rewrite ^ /index.php last;
}
O truque parecia ser colocar o php location
acima dos outros.