Eu tive um problema semelhante. Migrou um aplicativo php do iis6 para o iis8 e no iis8 foi muito lento!
Solução: no próprio aplicativo, aponte para 127.0.0.1 como nome do servidor mysql (em vez de localhost). Parece que há problemas de resolução ou problemas de IPv6 relacionados ao uso do nome do host localhost.
127.0.0.1 resolve.