Basta criar o arquivo e adicionar seu conteúdo a ele. Veja este . Use gksudo gedit /etc/apt/apt.conf
para edição gráfica ou sudoedit /etc/apt/apt.conf
para edição de console.
Em relação ao que você tem que colocar na configuração, você tem que colocar o endereço do proxy e sua porta (então preencha os espaços em branco). Se você precisa de um proxy, ofc.