Eu suponho que você já tenha instalado o Compiz. Se não:
sudo apt-get install compiz
gsettings tem uma operação equivalente à operação de troca de chaves mateconf-editor que você precisou fazer para definir o gerenciador de janelas para o Compiz. Agora, para ativar o Compiz, basta executar o seguinte comando do terminal:
sudo gsettings set org.mate.session.required-components windowmanager compiz
Isso alterará a chave windowmanager para compiz no esquema org.mate.session.required-components . Em seguida, recomendo a instalação do Gerenciador de configurações do CompizConfig:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Com isso, você está feito. Você pode executar compiz --replace no Terminal para iniciar o Compiz ou simplesmente reinicializar sua máquina. Eu recomendo o último, como o primeiro pode ter problemas.