(explicação possível) Em um arquivo de sistema de arquivos posix pode ser excluído enquanto ainda estiver em uso. Quando isso acontece, os dados precisam permanecer no disco, até que todos os descritores de arquivos que levam a esse arquivo sejam fechados.
Você pode tentar fazer lsof | grep deleted
para ver, se tiver esse arquivo em seu sistema.
Outra explicação pode ser uma corrupção do sistema de arquivos ou uma máquina comprometida.
Edição tardia: outra explicação pode ser, você está fazendo errado ... com o comando du -hs /
, você está contando todos os arquivos em /dev
e /proc
, alguns dos quais podem obter bastante grande. você deve adicionar -x
para contar arquivos apenas em um sistema de arquivos. então o comando parece mais com du -xhs /
.