Isso significa que quase toda a memória é usada pelo kernel para armazenar dados em cache. Você provavelmente tem um sistema quase ocioso, então não importa muito, mas para otimizá-lo, você deve olhar a configuração do mysql ...
Se você acha que pode se beneficiar do cache de consulta, ative-o e dê a ele, por exemplo, 128 MB. Então você pode verificar no mysql como é utilizado. Se você executar principalmente consultas SELECT e não muitos INSERT / UPDATE, o cache de consulta pode ser bom para você. Isso raramente causa problemas, portanto, você pode deixá-lo com segurança ativado.
Então, se você estiver usando o mecanismo de armazenamento MyISAM, também deve ativar alguma memória através da variável kay_buffer. Se estiver usando o InnoDB, o conselho geral é dar 50-80% da memória disponível para innodb_buffer_pool_size (se este for um servidor mysql dedicado). O Mysql e o InnoDB sabem melhor o que exatamente armazenar em cache do que o kernel do linux.
Para liberar caches mysql (lidos), acho que apenas o mysql restart ajuda. Para liberar caches do sistema, use o comando:
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
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