Isso acontece quando você não tem permissões de execução em uma pasta, mas tem permissões de leitura. Consegui reproduzir o erro desta forma:
$ mkdir test
$ touch test/tt
$ ls -l | grep test
drwxr-xr-x 2 user user 4096 2011-12-27 17:05 test
$ chmod -x test
$ ls -l test
ls: cannot access test/tt: Permission denied
total 0
-????????? ? ? ? ? ? tt
Assim, o problema deve ser corrigido depois de conceder ao usuário a permissão x
, além de r
.