A clonagem pode certamente funcionar, embora minha preferência seja investigar a opção de script de instalação automática para o SO (Kickstart para sistemas do tipo RH, AutoYAST para SuSE, não me lembro qual é a solução Debian preferida atual.) mais fácil a longo prazo manter os scripts de auto-instalação e pós-instalação que configuram o sistema para o padrão local, que incidentalmente documenta exatamente como os sistemas são construídos para que o próximo sistema que você instala seja garantido para ser construído da mesma maneira .
Melhor ainda é decidir começar com um sistema de gerenciamento de configuração e não editar arquivos manualmente. Então você tem uma descrição documentada e controlada por versão do que foi alterado do sistema padrão e pode facilmente construir ou reconstruir um sistema para o estado correto.
A alternativa é tentar lembrar de todas as alterações ou lembrar de documentá-las separadamente, para que da próxima vez que você precisar adicionar ou substituir um sistema, não tenha regressões de configuração e tenha problemas antigos que você tenha esquecido.