existe um script perl razoavelmente puro chamado mysqltuner.pl (disponível no domínio com o mesmo nome, ou aqui )
você precisa de acesso ao shell (e um login de usuário admin do mysql) - mas ele irá analisar sua instância, configuração e algumas estatísticas e fazer recomendações básicas que podem fornecer uma base a partir da qual trabalhar.
embora seja um bom ponto de partida, certamente não é uma ferramenta de diagnóstico absoluta & band-aid - Eu ainda iria com os inúmeros recursos da web lidando com o ajuste de desempenho do MySQL, e preferencialmente começando (em uma caixa de desenvolvimento) entendendo como medir seu desempenho atual, entender índices e como eles são aplicados e como diferentes arquivos de dados mysql os tipos de armazenamento / db funcionam e o que se adapta ao seu ambiente.
como alguém uma vez resmungou no treinamento da Oracle, não há uma opção "mais rápido = verdadeiro".