Ligar o servidor de arquivos ao AD significa que você não precisa gerenciar independentemente dois diretórios de usuários e fontes de autenticação. Isso significa que o AD servirá como The One True Source ™ para todas essas informações. Isso significa que os usuários que desejam manter a senha do servidor de arquivos e sua outra senha (AD) em sincronia não precisarão alterá-la duas vezes por meio de interfaces diferentes para fazê-lo.
Eu não posso falar sobre a confiabilidade do winbind (o componente necessário para "ligar" o seu servidor de arquivos Linux ao AD), mas eu sei que ele tem sido usado por muitos, muitos anos e deve muito bem ser confiável agora. Veja o SambaWiki para mais informações sobre winbind e AD .
Quanto ao acesso aos compartilhamentos, quais são as permissões de compartilhamento definidas em smb.conf ? Eu não estou familiarizado com o dispositivo TurnKey, mas presumivelmente existe uma interface (webmin?) Que gerencia os compartilhamentos do Samba? Você pode nos mostrar como são as definições de compartilhamento dessa interface? Se não, você pode postar a seção relevante de smb.conf ?