But my concern is such random reboot affects all 5 application and this is major issue. So > is there any solution to this?
Obtenha mais servidores.
Esta não é uma questão técnica, mas organizacional. Você tem que corrigir, por razões de segurança, e se o patch precisar de uma reinicialização, é NECESSÁRIO que aconteça.
Você não quer que seu software não esteja disponível? ter várias máquinas trabalhando nos aplicativos e fazer com que eles sejam reinicializados um após o outro.