Primeiro, para esclarecer alguns equívocos, usar o FTP não é "ruim para seus arquivos". Se você usá-lo, seus arquivos chegarão ao servidor inalterados e em boas condições. Embora o protocolo FTP tenha uma lista de problemas, o principal problema é que ele não usa nenhuma criptografia. Assim, tanto seu nome de usuário / senha quanto seus arquivos são enviados pela rede em texto não criptografado.
Este é um servidor linux? Se assim for, você deve olhar para o uso do SCP. O SCP usa o SSH como um transporte, e é bem provável que você já tenha um servidor ssh instalado e em execução, de modo que não precisaria de nenhum trabalho adicional de sua parte. Ao usar o SCP, todos os dados em trânsito são criptografados, incluindo suas credenciais e os arquivos que você está transferindo.
Dependendo do SO do cliente que você está executando, WinSCP ou O Filezilla suporta o SCP e fornece uma boa interface gráfica.