O Debian não irá tocar nos seus arquivos de configuração depois de editá-los; você pode editar o script logrotate do lighttpd o quanto quiser. Você pode ser solicitado a fazer atualizações se o lighttpd e o arquivo tiverem sido atualizados.
Se você quiser que as alterações sejam aplicadas na instalação do seu próprio pacote, desvie o arquivo de configuração lighttpd nos scripts de instalação do pacote e instale a versão com reconhecimento do awstats em seu lugar. Procure dpkg-divert.