Parece que a resposta é não, pelo menos como as coisas estão atualmente.
Eu tenho um servidor web com muitos sites, todos baseados no Drupal. Os sites compartilham uma grande maioria de código idêntico, e seria ótimo se a APC pudesse tirar proveito disso e não "re-armazenar em cache" os mesmos arquivos x vezes.
Existe algum problema teórico com essa ideia? Algum caching opcode do PHP tira proveito disso que você conhece?
apc.file_md5 não resolve o problema de duplicação porque não identifica os arquivos em cache. Veja a pergunta O que apc.file_md5 faz (Cache PHP alternativo)?
Para evitar duplicação, talvez a ligação simbólica de alguns diretórios do Drupal funcione. Então, ao invés de
/vhost1/drupal/includes/(a lot of files)
/vhost2/drupal/includes/(a lot of files)
você poderia ter
/vhost1/drupal/includes => /path/to/drupal-master/includes/
/vhost2/drupal/includes => /path/to/drupal-master/includes/
Esteja ciente de que todas as instâncias do Drupal executadas com este truque devem ser da mesma versão ... se não, coisas ruins podem acontecer ;-P
Você deve postar sua configuração de tempo de execução do APC. Você já tentou definir 'apc.file_md5' para ajudar? Os documentos são escassos nesta opção, mas soa como o que faria é armazenar em cache os arquivos e (esperançosamente) compará-los em vez de depender do caminho real para os arquivos ...