Eu usei o pacote RPM para implantação e detestá-lo em comparação com o pacote Debian. Usando um pacote você recebe muitos benefícios, como configurar dependências, configuração do apache, logrotate, cronjobs, scripts post inst, etc, bem como apenas o código-fonte e as permissões. Poder usar o debconf para fazer perguntas ao usuário (por exemplo, em que URL eu devo servir este aplicativo da web?) E então modelar as respostas na configuração do apache é realmente útil. No entanto, tanto quanto eu posso dizer, não existe um equivalente do tipo debconf para o RPM, o que significa que você acaba tendo que editar os arquivos de configuração manualmente e não pode instalar facilmente novas versões do pacote.
Eu geralmente acho que apenas instalar a partir do controle de origem em servidores não é o caso, porque para uma aplicação complicada é apenas parte da história. Então, dadas as suas três opções acima, eu iria para 3.