Você tem a idéia certa ao colocar pessoas em UOs diferentes, dependendo das Políticas de Grupo que você deseja que elas tenham. Geralmente, as UOs são usadas para separar pessoas e computadores para facilitar a granularidade sobre quais Diretivas de Grupo você aplica a cada UO.
Por exemplo, minha estrutura do AD é mais ou menos assim com alguns GPOs genéricos no topo e outros mais granulares à medida que se aproxima. Por exemplo, na /Acme Widgets
OU, defini coisas como atualizações de download do servidor do WSUS (pois isso se aplica a TODOS os computadores) e no /Acme Widgets/Internal/Computers/Internet Cafe
OU eu tenho um GPO que restringe quase tudo que o usuário pode fazer. p>
Basicamente, as UOs estão lá para ajudar você a gerenciar seus GPOs, mas como isso é feito por você.
corp.acme-widgets.local
----Acme Widgets
--------Internal
------------Computers
----------------Finance
----------------Human Resources
----------------Internet cafe
----------------IT
----------------Sales
--------------------Area 1
--------------------Area 2
------------Users
----------------Finance
----------------Human Resources
----------------IT
----------------Sales
--------------------Area 1
--------------------Area 2
--------External
------------Computers
------------Users