Você pode usar um IDS baseado em host (HIDS). Basicamente é um software que gera um banco de dados 'confiável' com informações e checksums criptográficos de arquivos importantes no seu host. Depois que esse banco de dados é criado, você pode configurá-lo para verificar os arquivos diariamente e realizar ações se algum dos arquivos for alterado. Alguns HIDS também verificam a memória em busca de problemas. OSSEC e Tripwire são dois softwares de código aberto isso pode ajudar.