O Skype lida com o próprio eco, portanto, isso não é tratado pelo PulseAudio. O Empathy possui uma caixa de seleção nas preferências para ativar o cancelamento de eco, que fará com que ele informe ao PulseAudio para executar as etapas apropriadas para ativar o AEC. Idealmente, as coisas deveriam funcionar imediatamente.
Por padrão, o PulseAudio tentará usar o cancelador de webrtc, o que é muito bom. Infelizmente, o pacote 12.10 pulseaudio não usa isso. Ele usará o cancelador speex que é razoavelmente bom. Acredito que ativar o suporte para o mecanismo webrtc é algo que está sendo considerado para o próximo lançamento do Ubuntu.