Nós implantamos 10-15 servidores do SBS 2008 no ano passado. A maioria dos clientes notou lentidão na placa, seja relacionada à rede, e-mail, acesso a arquivos, acesso à unidade pública, tudo é mais lento. Parece que o código de 2008 é apenas porco lento. Lembre-se do Vista? O SBS 2008 é construído no mesmo código. E todos nós sabemos que o XP foi mais rápido que o Vista, então o seu provável 2003 seria mais rápido / mais estável que o de 2008.
Eu diria que o R2 é muito melhor (construído no win7) e a maioria dos problemas de velocidade foram resolvidos. O que tudo isso significa? Não me surpreende que sua caixa de 2008 esteja funcionando devagar, é normal.