Infelizmente, não há uma configuração de proxy global no Windows (fora das Opções da Internet) à qual todos os aplicativos prestem atenção. Muitos aplicativos não usam as Opções da Internet e muitos dos que não suportam autoconfigs de proxy. Para aqueles que não desistem de configurá-los manualmente.
Quais aplicativos você deseja configurar? Existem maneiras de manter centralmente algumas coisas para reduzir um pouco a carga administrativa.