Um registro CNAME deve ser o único registro de um registro DNS. A pegadinha mais comum é que você não pode criar um CNAME para mysite.com, já que você também tem um NS Record e, muito provavelmente, um registro MX para esse nome.
Contanto que você tenha ocorrências singulares de nomes, eu recomendaria usar o CNAME, pois isso torna você mais flexível. Quando você migra para outro servidor, você só precisa mudar o nome para o qual todos os CNAMEs apontam.