Você não pode informar ao BIND sobre novos arquivos de zona com rndc , você precisa adicionar a configuração de zona ao arquivo named.conf e usar rndc reconfig .
FWIW, acredito que versões futuras do BIND possam ter suporte para o "nscp" (protocolo de controle de servidor de nomes) que está sendo discutido no IETF. Esse protocolo é destinado a permitir que os servidores de nomes adicionem novas zonas "on the fly".