A primeira resposta é garantir que este site seja executado em seu próprio pool de aplicativos. Isso garantirá que este site seja executado em seu próprio processo de trabalho, portanto, quaisquer erros não afetarão os outros sites. Isso também significa que você pode especificar diferentes configurações para coisas como Gerenciamento de Identidade, Desempenho e Saúde do Pool.
Dito isto, isso não vai parar este site usando toda a largura de banda disponível e impedindo que os outros sites funcionem. A resposta mais fácil para esse problema é fazer com que este site ouça em um IP que esteja em uma conexão de rede e NIC separada, para os outros sites. Mas obviamente isso envolve ter duas conexões a montante para o seu servidor. Se isso não for possível, você precisará procurar uma maneira de equilibrar o tráfego. Isso é algo que talvez você queira fazer no seu roteador ou switch.