Eu mexi com o SCCM mas não o conheci de dentro para fora. Você pode adicionar os arquivos à fonte do pacote, mas precisará atualizar os pontos de distribuição antes que o SCCM veja as alterações.
O problema é com o anúncio - os clientes só veem o anúncio e, por isso, não acho que eles vão pegar a versão mais recente automaticamente através do anúncio antigo. Eu acho que você poderia empurrar para fora um novo anúncio, mas isso será efetivamente instalar o software novamente, ao invés de um upgrade / patch puro.
Se você tiver uma pequena implantação, experimente testar esse método (sugira usar uma pequena coleção de testes primeiro) e verifique se ela é atualizada corretamente. A maioria dos softwares deve - essencialmente, executar o instalador novamente, mas com os arquivos atualizados.
No entanto, em termos de inventário e gerenciamento de software 'adequados', você provavelmente deve tentar o sistema de atualização.