Em termos de performance , acho que a diferença entre a conexão direta à placa-mãe e o PERC 5 / i é a favor da placa RAID. O quanto a favor seria bem difícil de adivinhar, mas não vejo nenhuma penalidade óbvia relacionada ao desempenho até agora.
Eu diria que os recursos do PERC 5 / i em si, como o processador Intel (IOP333), XScale, 256 MB de DDR2, etc., etc., seriam os motivos para usá-lo na interface direta com a placa-mãe. . Além disso, e se mais tarde você quiser usar essa única unidade em uma matriz RAID 0,1?