O serviço "Registro de licenças" está obsoleto no Windows Server 2003. Consulte aqui: link
A meu conhecimento, o serviço de registro de licença não faz nada se você o iniciar, além de se lamentar no log de eventos. Não tenho conhecimento de nenhuma funcionalidade no Windows Server 2003 para fazer com que qualquer tipo de comportamento seja diferente se a "contagem de licenças" for excedida.
Eu tenho o "Registro de licenças" desabilitado em todas as máquinas do Windows Server 2003 em todos os meus sites de clientes e não temos problemas.