Algumas das configurações do IIS 6.0 podem ser definidas "globalmente", como o caminho inicial padrão dos arquivos de log. Veja este artigo no TechNet:
Alterando as configurações padrão do site (IIS 6.0)
No entanto, algumas das configurações que você altera não afetarão suas webs existentes. Por exemplo, se você definir o caminho padrão para seus arquivos de log, isso não alterará a pasta dos arquivos de log existentes.
During IIS installation, default values are set for the various properties assigned to Web sites. Properties can be set at the global level, affecting all Web sites on a server, on the individual site level, at the directory level, or at the file level. IIS uses an inheritance model, which means that settings on higher levels are automatically inherited by lower levels. Settings at lower levels can be edited individually to override inherited settings from the next level up.
If you change a setting at a lower level, then later change a setting at a higher level that conflicts with the lower level setting, you will be prompted to choose whether you want to change the lower-level setting to match the new higher-level setting.
Em relação ao caminho inicial do novo site: se você criar um novo site, o assistente do IIS sempre solicitará o caminho.
Se você tiver que migrar seus arquivos para uma nova pasta, eu faria isso um a um (se você não tiver centenas deles - então alguns scripts serão necessários). Certifique-se de testar os sites e verificar se existem diretórios que precisam de permissões "especiais".