Sim. Dê uma olhada neste documento:
Você pode especificar a pasta de dados em um arquivo de opções ou na linha de comando do serviço.
Edit: Acabei de puxar para baixo o MSI e dei uma olhada, e não vejo nenhuma maneira de especificar o diretório de dados durante a instalação com uma propriedade addt'l na linha de comando.
Você pode transformar a instalação com o Orca, se estiver familiarizado com o Windows Installer, para alterar o local "DataDir" na tabela "Diretório".