Normalmente, a única maneira de se livrar de snapshots é apagá-los, mas, dada a sua situação, acho que a melhor abordagem, por incrível que pareça, é tirar outra foto instantânea agora.
O ideal seria desligar a VM em questão, então tirar o instantâneo para que ele esteja em um bom estado limpo, mas isso pode não ser possível para você.
Em qualquer caso, depois de ter esse instantâneo mais recente, você pode criar uma nova VM com base nele, usando o PowerCLI.
O comando seria algo nos moldes de:
New-VM -Name $CloneName -VM $SourceVM -Location $CloneFolder -Datastore $Datastore -ResourcePool $ResourcePool -VMHost $VMHost -LinkedClone -ReferenceSnapshot $Snapshot
Você pode procurar aqui pelo que todas as opções significam e como use-os.
A chave é a opção -ReferenceSnapshot
.
Quando o clone estiver concluído, você desligará a VM, e ligará a nova VM, e pronto, você está de volta aos negócios sem precisar excluir todos os instantâneos.
Tudo o que você precisa fazer depois disso é estabelecer algumas políticas melhores em torno do gerenciamento de snapshots!