A única regra no TFS é: não toque nos bancos de dados de propriedade do TFS. E se você pagou pela licença do SQL Server, você pode adicionar quantos bancos de dados quiser. O TFS não terá nenhum problema com isso, mas não fará com que esses bancos de dados façam parte da programação de backup, portanto, você precisará fazer isso sozinho.
AND se estiver usando a licença gratuita do SQL Server Standard obtida com uma licença do servidor TFS, você não terá permissão para hospedar nenhum outro banco de dados naquela instância, a não ser os bancos de dados que são mantidos pelo próprio TFS.